南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院、江苏省红十字眼科医院，隶属于南京医科大学第四临床医学院，三级甲等眼科医院、国家药物临床试验机构、国家一流专业建设点（眼视光学）、国家眼耳鼻喉疾病临床医学研究中心干眼与眼表疾病分中心、国家眼部疾病临床医学研究中心糖尿病视网膜病变临床及研究中心、江苏省及南京市眼科医疗质量控制中心、江苏省儿童青少年近视防控研究中心、南京市红十字第二眼库，南京医科大学硕士生培养基地、博士生培养点，博士后创新实践基地。医院眼科系国家临床重点专科、南京市医学重点专科，白内障是江苏省重点专科，眼底病科是南京市重点专科。

南京医科大学眼科医院于2016年4月将药物临床试验机构创建列入院重点工作并启动全院培训，2017年5月药物临床试验机构通过CFDA现场认证，2018年12月完成医疗器械临床试验机构网上备案，2020年5月完成药物临床试验网上备案，2022年10月经过了江苏省局对机构的日常监督检查，并于2022年、2023年接受并通过了二氟泼尼酯、罗氏BRVO、罗氏AMD等多个项目的现场核查。目前，开展临床试验项目较多的有眼底病、眼视光、角膜病、青光眼、白内障等专业科室。药物及医疗器械临床试验机构分别建立了一整套符合GCP要求的临床试验制度和操作规程，同时重视信息化建设，保证临床试验可视化，覆盖立项、伦理、合同、启动、入组等临床试验项目运行全过程。